بعد عملية زرع الكبد، من المتوقع حدوث بعض المضاعفات، مثل رفض جسم الشخص للعضو الجديد، وزيادة معدلات العدوى، وحدوث مشاكل في القنوات الصفراوية، وزيادة خطر الإصابة ببعض الأمراض، منها السرطان.

رفض الجسم للعضو بعد زراعة الكبد
من المضاعفات التي يمكن أن تحدث بعد عملية زراعة الكبد رفض الجسم للعضو المزروع و هو الكبد، و يحدث رفض العضو الجديد بمعدل حالة من كل ثلاث حالات، و يحدث ذلك الرفض بسبب مهاجمة جهاز المناعة للكبد المزروع، و بسبب ذلك يتوقف الكبد عن العمل، و يحدث الرفض عادة في خلال أسابيع أو أشهر بعد عملية زراعة الكبد، و يحدث الرفض للعضو المزروع بدون أية اعراض محددة تشير إليه، بل مجرد أعراض مبهمة، مثل ارتفاع درجة الحرارة، و ترجيع و اسهال، و خمول بالجسم، و آلام بالبطن، و اصفرار الجلد و اصفرار بياض العين، و يتغير لون البراز إلى لون فاتح، و يتغير لون البول إلى لون داكن، و يصاب المريض بحكة و هرش بالجلد، و في معظم الحالات يتم علاج حالة الرفض عن طريق تعديل جرعات العلاج المثبط للمناعة.

الاصابة بالعدوي بعد عملية زراعة الكبد
يتم اعطاء المرضى بعد عملية الزرع أدوية مثبطة للمناعة، و هذه الأدوية تضعف قدرة الجسم على مكافحة الميكروبات، و بالتالي يصبح الجسم أكثر عرضة للإصابة بالعدوى، و يجب على المريض اتباع بعض الاحتياطات لتقليل نسبة حدوث العدوى، كما يمكن ان يتم إعطاء المريض أدوية مضادة للفيروسات و أدوية مضادة للبكتيريا و ادوية مضادة للفطريات كنوع من الوقاية، و قد تصل مدة تعاطي هذه الادوية حتى أشهر بعد عملية الزرع، و يجب على المريض اللجوء فورا للطبيب المختص إذا شعر بأنه ربما يكون قد التقط عدوى بأحد الميكروبات، كان يشعر بارتفاع درجة الحرارة أو الصداع و تعب العضلات و الاسهال، و ذلك حتى يتم اتخاذ اللازم.

مشاكل القنوات الصفراوية بعد زراعة الكبد
يعاني واحد من كل عشرة مرضى الذين أجروا عملية زرع الكبد من مشاكل تتعلق بالقنوات الصفراوية، ومن هذه المشاكل، على سبيل المثال، تسرب العصارة الصفراوية أو انسداد القنوات الصفراوية. وفي حالة تسرب العصارة الصفراوية، يتم علاجها عن طريق تركيب قناة تصريف خارجية لتسهيل خروج العصارة الصفراوية المتسربة من تجويف البطن. ويتم علاج الانسداد عن طريق إدخال أنبوب صغير داخل القناة المسدودة باستخدام منظار ليعمل كدعامة تمنع انسدادها من جدي.

حدوث فشل كلوي بعد زرع الكبد
يحدث الاصابة بفشل كلوي لمريض الكبد بعد عملية الزرع بنسبة حالة من بين كل ثلاث حالات، و التي غالبا ما تكون من الاعراض الجانبية و مضاعفات تناول الأدوية المثبطة للمناعة، و يحدث الفشل الكلوي عن طريق فقدان الكليتين لقدرتهما على أداء وظائفهما، و تكونان غير قادرتين على فلترة المخلفات من الجسم، و من أعراض الفشل الكلوي بعد زرع الكبد التعب المستمر و انتفاخ القدمين و مفصل الكاحل و مفصل الركبة، و ضيق النفس، و الشعور بالإعياء، و تغير لون البول إلى اللون الاحمر بسبب وجود دم في البول، و يتم متابعة المرضى بعد عملية الزرع عن طريق فحص وظائف الكليتين بشكل دوري و كذلك مستوى الادوية المثبطة للمناعة بالدم لكي يتم اكتشاف فشل الكليتين مبكرا، و في حالة حدوث الفشل الكلوي يتم عمل غسيل صناعي للكليتين أو عملية زرع كلية.

فشل عملية زرع الكبد
يعني فشل عملية الزرع أن العضو المزروع لا يعمل بشكل جيد، و هذه من أخطر المضاعفات التي تحدث بعد عملية زرع الكبد، و تحدث لمريض واحد من بين كل عشرة مرضى، و أكثر الأسباب التي تؤدي غلى ذلك هو نقص امداد العضو المزروع بالدم ربما بسبب تكون جلطات صغيرة تسد الشرايين المغذية للكبد، و يمكن أن يحدث الامر فجأة أو ببطء على مدار فترة طويلة، و من علامات فشل عملية زرع الكبد الاصابة بمرض الصفراء، و تورم و انتقاخ الجسم بسبب الماء، و انتفاخ لبطن، و تغير الحالة العقلية، و يمكن استخدام بعض الادوية مؤقتا للسيطرة على هذه المشكلة، و لكن لا يوجد حل لها سوى زرع كبد جديد.

حدوث سرطان بعد زرع الكبد
يعاني الاشخاص الذين خضعوا لعملية زراعة كبد جديد من زيادة خطر الإصابة بالسرطان، و من الأنواع التي تحث غالبا سرطان الجلد غير التصبغي، و سرطان الجلد الصبغي، و سرطان عنق الرحم، و يوجد أيضا خطر الإصابة بمرض ترتبط بخلايا الدم  البيضاء في الأشخاص الذين خضعوا لعملية نقل اعضاء، و يعرف هذا المرض باسم زيادة الخلايا الليمفاوية بعد الزرع post-transplant lymphoproliferative disorder .