يبلغ مساحة المسجد 6500 متر مربع ، وتبلغ مساحة صلاة المسجد 1767 متر مربع ، ويأخذ المسجد شكل مستطيل .
تاريخ بناء المسجد :
الاضرحة التي يضمها مسجد الرفاعي:
ضريح نور هانم والدة الخديوي عباس
ضريح الخديوي عباس الأول :
الضريح يتألف من ثلاثة طوابق محفورة عليها أشكال نباتية جميلة، وفوق الضريح يوجد شاهد مكتوب عليه باللغة التركية بيانات صاحب القبر، بالإضافة إلى أدعية له. ويتوسط الشاهد الطربوش التركي، ويحيط القبر بسور نحاسي ضخم محفور بأشكال هندسية. تم بناء هذا السور لفصل قبر نور هانم عن قبر الهامي باشا، شقيق الخديو عباس، الذي يتألف قبره من طابقين من الرخام المزخرف .
اضرحة بنات و زوجات الخديوي عباس :
و تتميز هذه المجموعة بالشكل الجمالي الرائع حيث الالوان الجذابة والمتناسقة ، و يوجد بها اضرحة زوجتي الخديو عباس و هما ( فتحية هانم – الاميرة شمس ) واضرحة زوجتي الخديو محمد سعيد باشا و هما الاميرتين ( ملك – انجى ) ، و ضريح الخديو محمد سعيد الذي لا يقل فخامة و جمالا وروعة عن ضريح الخديو عباس الاول .
ضريح الامير طوسون باشا ابن سعيد باشا:
يحتوي المقبرة على قبر الأمير طوسون باشا وولديه محمد ومحمود، وقبر الأمير محمد علي ابن إسماعيل باشا، وكذلك بعض أفراد العائلة مثل الأميرة زينب زوجة محمد علي ورقية هانم .
ضريح ابراهيم باشا :
دُفِنَ ابن محمد علي، القائد العسكري للجيش المصري، إبراهيم باشا، ويتألف ضريحه من ثلاثة طوابق على شكل هرم، مزخرف بالمرمر الإيطالي، ومنقوش بالكامل من القاعدة وحتى الجزء العلوي من الشاهد. يمثل هذا الضريح، في بنائه وزخارفه ونقوشاته، وحدة هندسية تتميز بالكمال والروعة .